Ora è ufficiale, Fabio Pecchia è il nuovo allenatore dell'Hellas Verona. Era solo questione di momenti, ed ora è arrivata l'ufficialità da parte della società. Con una apposita nota, infatti, "l’Hellas Verona FC comunica di aver affidato la guida tecnica della prima squadra a Fabio Pecchia, con contratto in scadenza al 30 giugno 2017. L’allenatore di Formia sarà affiancato da Nicola Corrent (vice allenatore),Marco Antonio Ferrone (preparatore atletico) e Valerio Visconti (preparatore dei portieri)".

Carriera da allenatore:

Nel 2009-2010 è vice allenatore al Foggia.

Il 18 giugno 2011 diventa allenatore del Gubbio in Serie B in sostituzione di Vincenzo Torrente, passato al Bari. Dopo la qualificazione in Coppa Italia ottenuta eliminando l'Atalanta, squadra di serie A, il Gubbio ha un difficile avvio di campionato con quattro sconfitte consecutive seguito da un ciclo di risultati positivi con 7 punti in 5 partite; all'allenatore è fatale la sconfitta maturata nei minuti finali per 2-1 sul campo del Crotone e il 16 ottobre è esonerato.

A giugno 2012 diventa allenatore del Latina, in Prima Divisione girone B: la squadra pontina è la sorpresa positiva del campionato di Lega Pro e Pecchia mantiene la squadra in testa alla classifica per buona parte della stagione, oltre a conquistare la finale di Coppa Italia di Lega Pro col Viareggio e la vittoria 2-1 fuori casa nella finale d'andata, ma è esonerato l'8 aprile 2013 in seguito alla sconfitta a Benevento 1-0, col Latina terzo in classifica.

Il 5 luglio 2012 acquisisce a Coverciano il titolo di allenatore di Prima Categoria UEFA Pro, il diritto di ricoprire il ruolo di tecnico in una squadra di massima serie.

Il 21 giugno 2013 diventa allenatore in seconda al Napoli di Rafael Benítez; per Pecchia si tratta del terzo ritorno nella città Partenopea.

Il 3 giugno 2015 segue Rafa Benítez al Real Madrid, anche qui con il ruolo di vice-allenatore. Il 4 gennaio 2016, a seguito dell'esonero di Benítez, viene sollevato dall'incarico.

L'11 marzo 2016, sempre al seguito di Benítez, diventa vice-allenatore del Newcastle.

Primo giugno 2016, allenatore dell'Hellas Verona.